Der Amtsbereich des StALU Mecklenburgische Seenplatte ist eingebettet in eine strukturreiche, eiszeitlich geprägte Landschaft und zeichnet sich besonders durch eine Fülle an wertvollen Lebensräumen aus. Als Besonderheit des Amtsbereiches sind der durch die vorwiegende Binnenentwässerung hervorgegangene Seenreichtum und eine Reihe von Moorökosystemen zu nennen. Weiterhin gehören auch Sölle und Moränenlandschaften sowie herausragende Trockenrasenstandorte zu diesem einzigartigen Naturraum.

Aufgabe der Fachbehörde für Naturschutz ist das Management einschließlich die Managementplanung in den Gebieten des europäischen Netzes Natura 2000 sowie die Vergabe und Kontrolle von Mitteln für Zwecke des Naturschutzes und der Landschaftspflege mit regionaler Bedeutung.

Die Beachtung verschiedener Interessenlagen für eine wirksame Sicherung von Natura 2000-Belangen bildet einen wesentlichen Arbeitsschwerpunkt.