Im Bereich Wasserwirtschaft gehört neben dem Hochwasserschutz an Elbe und Ostsee die Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie zu den vorrangigen Aufgaben des StALU WM. Die Förderung von Maßnahmen der Siedlungswasserwirtschaft (Abwasseranlagen) und des insbesondere naturnahen nichtstaatlichen Wasserbaus an Gewässern 2. Ordnung (z.B. Fischaufstiegshilfen) dient ihrer praktischen Umsetzung. Die Einhaltung der Qualitätsziele ist Maßstab bei der Erteilung wasserrechtlicher Entscheidungen und wird durch aufwendiges Monitoring überwacht.