Der Vorpommersche Küstenraum vom Fischland-Darß bis zur Insel Usedom stellt mit seinen im Hinterland befindlichen großen Flusstalmooren, Waldgebieten, Söllen, Oszügen und Moränenlandschaften einen einzigartigen und reichhaltigen Küstenabschnitt des südlichen Ostseeraumes dar. Im Spannungsfeld maritimer, touristischer und wirtschaftlicher Entwicklung gelegen, kommt dem Naturschutz und der Sicherung und ungestörten Entwicklung dieses Gebietes somit eine besondere Bedeutung zu.
Das StALU Vorpommern betreut insgesamt 78 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von 36.146 ha. Innerhalb der landesweiten Schutzgebietskulisse der Natura 2000 Gebiete befinden sich neben 20 zu betreuenden Vogelschutzgebieten (SPA-Special Protection Areas) mit 41.3019 ha, noch 74 FFH-Gebiete (Flora-Fauna-Habitate) mit einer Gesamtfläche von 363.873 ha im Zuständigkeitsbereich des StALU Vorpommern.
Zudem stellt der marine Naturschutz im Bereich der inneren und äußeren Küstengewässer auf nicht inkommunalisierten Wasserflächen einen Schwerpunkt der Tätigkeit dar.