Seit 1997 hat die Dienststelle Rostock des StALU Mittleres Mecklenburg seinen Sitz im Landesbehördenzentrum in der Rostocker Südstadt, Erich-Schlesinger-Str. 35, mit einer sehr guten Verkehrsanbindung (Nähe Hauptbahnhof, öffentlicher Nahverkehr und Autobahn A20). Innerhalb des 11-geschossigen Behördenhochhauses hat das StALU seine Räumlichkeiten in den Etagen neun bis elf, der Amtsleiter hat seinen Sitz in der 11. Etage. Im Rostocker Landesbehördenzentrum sitzen insgesamt vier Landesbehörden, die vier unterschiedlichen Fachressorts des Landes angehören. Das Dienstgebäude wird vom Betrieb für Bau und Liegenschaften M-V (BBL) bewirtschaftet.
Das dreigeschossige Dienstgebäude in Bützow befindet sich direkt neben dem Bützower Schloss am Schlossplatz 6. Das Gebäude wurde 1996/97 nach Abriss auf dem Gelände der ehemaligen Kreisverwaltung Bützow errichtet und wird seitdem für die staatliche Landwirtschaftsverwaltung in der Region Mittleres Mecklenburg genutzt. Das Dienstgebäude wird vom Betrieb für Bau und Liegenschaften M-V (BBL) bewirtschaftet.